有巧克力囊肿原则上来说是可以怀孕的，但是需要注意的是，对于症状较为严重的巧克力囊肿患者，疾病本身可能对患者怀孕产生影响，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，而子宫内膜异位症的患者大约有40%到50%会合并有不孕，主要是由于子宫内膜巧克力囊肿怀孕异位症可能导致较为严重的盆腔粘连或影响卵巢排卵。

　　在子宫内膜异位症患者的手术过程中，医生会根据术中情况巧克力囊肿怀孕对患者疾病的严重程度进行评分，评分为3到4期的患巧克力囊肿怀孕者属于症状较重者，不孕的可能性相对较高。因此对于部分症状严重的患者，在手术后，有时医生会建议患者前往生殖中心，通过试管婴儿的方式达到受孕的目的。