临床上以顽固性腹泻、粘液便、血便或脓血便、腹痛和里急后重为特点，并黄热病疫苗有效期可伴有发热、贫血、关节炎、皮肤病变和肝病等肠外表现。由于结肠肌肉痉挛、结肠膨胀和炎症刺激局部感觉神经，引起不同程度的腹痛。腹胀多局限于左下腹或下腹部，呈阵发性的轻度疼痛。当病变严重时可呈现绞痛。极少急性发病，多数起病缓慢，病程较长，常反复发作，间以长短不定的缓解期，亦黄热病疫苗有效期称为慢性非特异性溃疡性结肠炎。早期可出现腹痛、腹泻和血便。