办理保健食品经营许可申报的材料有：
⑴食品经营许可申请书；
⑵营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
⑶与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程文件；
⑷制定的食品安全自查规章制度；
⑸制定从业人员健康管理的规章制度；
⑹进货查验记录、食品安全事故处置等规章制度。
注：1、利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
2、委托办理的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
每个地方申报食品经营许可证会有所不同，以北京为例以下是北京申报食品经营许可证的流程
一、办理须知
1.申请人委托代理人提出许可申请时提供：授权委托书(原件1份);被委托人身份证明(复印件1份)。
2.凡提交的申请材料均应逐页加盖本单位公章或骑缝章(没公章可由申请人签字)。
3.申请人提交的申请材料、证件应当是原件，如需提交复印件的，应当在复印件上由申请人或者指定代表(委托代理人)签字并注明与原件一致或直接加盖公章，提交的申请材料、证件应当使用A4纸张打印(图纸除外)，建议中文使用宋体小4号字，英文使用12号字。
4.申请书单位名称应与营业执照等合法主体资格证明的名称完全一致，申请书的填写符合要求，内容填写完整、准确，不涉及的项目填写“无”。
5.营业执照等主体资格证明应在有效期内。
6.申请表中在“法定代表人(负责人)”栏后填写法定代表人、负责人姓名，其中属法人的，填写法定代表人姓名;属个体工商户的，填写业主姓名;属法人分支机构或者其他组织的，填写负责人姓名。
二、操作流程：
进入北京市食品药品监督管理局官网→点击办事大厅→点击行政审批→在企业服务平台注册后登录→点击常用自助服务中的修改信息→修改后提交→点击我要申报→选择食品经营(根据需要选择新办、注销等)→填写完后打印申请表并带上需要提交的材料到行政服务大厅或所在地的镇街食药所办理。(食杂店在所在镇街食药所办理，其他经营形式在行政服务大厅办理)
1.进入北京市食品药品监督管理局官网，网址：http://syj.beijing.gov.cn/，点击 “办事大厅”， 点击“行政审批”。
2.进入企业服务平台后，点击“注册”，注册后登录。
3. 点击常用自助服务中的修改信息(红星标志为必填项)→修改后提交。
4.点击我要申报，选择食品经营(根据需要选择新办、注销等)
5.以新办为例，点击“食品经营许可证新办”后，进入新办页面，点击“新增”
6.按主体业态，选择点击“食品销售经营者”
7. 按照要求填写申请表，如信息抽取不成功，联系技术支持电话：4009001866。进入页面后按要求填写相关信息，红星标志为必填项。
注意：住所与营业执照一致。经营场所可以根据实际情况细化。如下所示：
住所：北京市昌平区十三陵镇北新村
经营场所：北京市昌平区十三陵镇北新村(村委会南50米)
8.勾选申请材料，已勾选的材料份数填写“1”，以新办为例。
1、 (一)(二)(三)(四)必须提交。
2、不是法人负责办理的提交(七)。
3、有外设仓库的提交(六)8。
4、只申请预包装食品销售不含批发业务的勾选(五)1和2。只申请预包装食品销售含批发业务的勾选(五)1、2和4。
有散装食品销售不含熟食的勾选(五)1、2、3和(六)9，含有批发业务的需勾选(五)4。
有散装食品销售含熟食的勾选(五)1、2、3和(六)7、9，含有批发业务的需勾选(五)4。
有制售类的食品经营者另需勾选材料(五)5。
利用自动售货设备从事销售的，另勾选(六)6。
9.填写完后，提交，下载打印申请表，准备好材料，食杂店经营形式的到所在镇街所食药办理，其他经营形式的到行政服务大厅办理。
