疱疹性咽峡炎以中西医结合或以中医为主治疗效果较好。其治疗并不复杂，但由于没有特效的抗病毒药物，抗菌类药物对病毒也无效，治疗以中药辨证论治、抗病毒、对症处理为主。可用阿昔洛韦、利巴韦林等西药抗病毒，但其作用有限，并存在一定的副作用。疱疹性咽峡炎中医辨证属湿热喉痹，多为外感湿热，上攻咽峡所致，常用解毒利咽、化湿退热的治法，可辨证选用甘草泻心汤、甘露消毒丹等方剂。合并心肌损害者，应适当卧床休息，使用护心药，还可以利用加压或超声雾化吸入抗病毒类药物，用锡类散、冰硼散、西瓜霜喷雾剂等进行咽峡局部治疗。发热时可用羚羊角粉清火退热防惊风，也可用物理疗法降温，体温超过38.5℃时可以用托恩、美林等退热药。体温超过39.5℃、有呕吐、惊厥、影响饮食睡眠时，可以配合输液支持疗法及对症中枢性降温措施。血常规检查白细胞计数增高、中性粒细胞增高时提示合并细菌感染，可配合使用抗菌类药物，否则不宜使用抗菌类药物。
本病的治疗，我主张中西医结合治疗甚至以中医治疗为主，要按具体情况辨证施治，如果患儿配合，应尽量服用中草药。因为在退热效果、溃疡愈合及整体状况的改善方面，中医的辨证治疗效果优于西医。在我这里接受过治疗的患儿家长相信深有体会，有时一两剂中药喂下去，退热很快，溃疡愈合也快，孩子的胃口恢复得也快，一般3服（重者5服）左右好转大半，复诊再开一些药善后调理，费用低，病程也短。药物的服用及饮食调护也很重要。我把这个整理出来，是希望更多的人受益，因为我接触太多这样的孩子了，得这个病时不敢吃刺激性的食物，不敢多喝水，让人看着实在心疼。在看病的时候要验一下血，给医生用药提供大致的方向，这样的话孩子可能会少用一些药。
另外，希望家长朋友注意并重视，“抗病毒”不等于“清热解毒”，“炎症”不等于“上火”，反之亦然。在此病的治疗中，不要过多使用蒲地蓝消炎口服液、清开灵、双黄连、安宫牛黄丸等清热解毒为主的中成药，这些药偏凉，纵使能解决一些表面问题，但是寒凉则伤肺，后期咳嗽明显或变生他证。
